बैकअप यूपीएस की कार्य-प्रणाली इस प्रकार है: जब ग्रिड की विद्युत आपूर्ति सामान्य होती है, तो एक ओर ग्रिड ट्रांसफार्मर के माध्यम से बैटरी पैक को चार्जर तक चार्ज करता है; दूसरी ओर, इसे ट्रांसफार्मर और बाईपास स्विच (बिंदु B से जुड़ा K) के माध्यम से लोड तक पहुंचाया जाता है। विद्युत ऊर्जा का वर्तमान प्रवाह इस प्रकार है:
इस बिंदु पर, ऊर्जा प्रवाह ऑनलाइन यूपीएस के समान ही है, सिवाय इसके कि इसे बैटरी पावर ट्रांसमिशन में परिवर्तित करने की प्रक्रिया ऑनलाइन यूपीएस से अलग है। दूसरे शब्दों में, ऑनलाइन यूपीएस में रूपांतरण समय नहीं होता है जब पावर ग्रिड असामान्य रूप से बैटरी पावर सप्लाई में परिवर्तित हो जाता है, जबकि बैकअप यूपीएस में एक निश्चित रूपांतरण समय होता है, जो ऑनलाइन यूपीएस में रूपांतरण बाईपास समय के समान होता है। आम तौर पर, कम रूपांतरण समय होना वांछनीय है।
ऊपर से, यह देखा जा सकता है कि बैकअप यूपीएस एक ऐसी प्रणाली को संदर्भित करता है जिसमें पावर ग्रिड सामान्य बिजली आपूर्ति के दौरान बाईपास स्विच के माध्यम से सीधे लोड को बिजली पहुंचाता है, जबकि यूपीएस बैटरी को भी चार्ज करता है। लोड को भेजी जाने वाली बिजली पावर ग्रिड से आती है जिसे यूपीएस द्वारा संसाधित और उपचारित नहीं किया गया है, और बिजली आपूर्ति की गुणवत्ता ऑनलाइन यूपीएस की तुलना में काफी कम है। जब ग्रिड की बिजली आपूर्ति में कोई असामान्यता होती है, तो यूपीएस के अंदर का इन्वर्टर बैटरी द्वारा प्रदान की गई डीसी ऊर्जा को एसी ऊर्जा में परिवर्तित करने और लोड को भेजने के लिए सक्रिय होता है।
हालाँकि बैकअप UPS और ऑनलाइन UPS की बुनियादी संरचना लगभग एक जैसी ही होती है, लेकिन ग्रिड में सामान्य बिजली आपूर्ति के दौरान ऑनलाइन UPS का आउटपुट बैकअप UPS की तुलना में बेहतर AC गुणवत्ता वाला होता है। यह मुख्य रूप से इसलिए होता है क्योंकि ऑनलाइन UPS का आउटपुट स्थिर वोल्टेज और आवृत्ति वाला होता है, जबकि बैकअप UPS ज़्यादातर आउटपुट के लिए फ़्रीक्वेंसी स्थिरीकरण जैसे अन्य प्रोसेसिंग फ़ंक्शन के बिना रफ़ वोल्टेज विनियमन को अपनाता है। इसके अलावा, ग्रिड को असामान्य बिजली आपूर्ति की स्थिति में या जब बैटरी पैक इन्वर्टर को ऊर्जा प्रदान करना शुरू करता है, तो ऑनलाइन UPS का कोई रूपांतरण समय नहीं होता है, जबकि बैकअप UPS का एक निश्चित रूपांतरण समय होता है। इसलिए, कार्य मोड और बिजली आपूर्ति गुणवत्ता के दृष्टिकोण से, ग्रिड बिजली आपूर्ति से बैटरी पैक बिजली आपूर्ति में रूपांतरण प्रक्रिया के दौरान ऑनलाइन UPS का प्रदर्शन बैकअप UPS से बेहतर होता है। बैकअप UPS के कुछ निर्माताओं ने ग्रिड फ़िल्टरिंग डिवाइस जोड़े हैं, और कुछ ने आउटपुट के सरल वोल्टेज विनियमन को प्राप्त करने के लिए आउटपुट ट्रांसफ़ॉर्मर पर कुछ नल जोड़े हैं, जिससे उनके उत्पादों के प्रदर्शन में सुधार हुआ है। हालाँकि, ऑनलाइन UPS की तुलना में अभी भी एक निश्चित अंतर है। हालाँकि, बैकअप यूपीएस की लागत ऑनलाइन यूपीएस की तुलना में कम है, इसलिए छोटी क्षमता वाले बैकअप यूपीएस का भी व्यापक रूप से उपयोग किया जाने लगा है।